Ceci n'est pas Initiative Citoyenne

Cherry-picking antivaccin et amnésie immunitaire suite à la rougeole

Le 1er novembre dernier, une équipe de chercheurs menée par Michael Mina a publié une étude qui montre que l'infection par le virus de la rougeole empêche le système immunitaire de lutter contre d'autres infections.

Voyez notamment cet article qui en parle.

Ce n'est pas neuf. Ce phénomène a déjà été observé depuis bien longtemps, mais cette étude permet de mieux comprendre le mécanisme.

Tetyana Obukhanych, que l'on a déjà eu le déplaisir de présenter, est relativement célèbre au sein de la communauté antivaccin grâce à son diplôme d'immunologiste qui est brandi comme un appel à l'autorité, elle a rédigé une tentative de réfutation de cette étude. Sauf que cette tentative de réfutation souffre de nombreux problèmes (et notamment de cherry-picking) dont on va discuter grâce à The Logic Of Science :

Encore du cherry-picking antivaccin : une réponse à la question "Faut-il avoir peur que la rougeole puisse vous provoquer une amnésie immunitaire ?"

Plus tôt cette semaine, j'ai écrit un article à propos de l'"amnésie immunitaire" induite par la rougeole et le corpus grandissant de preuves la démontrant. Par la suite, on m'a envoyé un lien vers une "réfutation" antivaccin à cette preuve (pas à mon article en particulier) qui circule dans les milieux antivaccins et qui est présentée comme un "échec et mat" vis-à-vis la science. L'article s'intitule "Devriez-vous craindre que la rougeole ne vous confère une amnésie immunitaire ?" par Tetyana Obukhanych, et il a l'apparence d'être basé sur des preuves, mais si vous vérifiez un peu les faits, vous vous rendrez compte que ses sources sont cherry-pickées et ses arguments ignorent aveuglément de larges pans de l'immunologie. Compte-tenu de la popularité de cet article, je vais le passer en revue, morceau par morceau et démontrer que les éléments de preuves ont été cherry-pickés et déformés de manière à correspondre aux idées préconçues des auteurs.

Avant de commencer, je souhaite donner un aperçu extrêmement bref du sujet discuté. Les scientifiques savent depuis plusieurs années qu'une infection par le virus de la rougeole provoque une amnésie immunitaire au cours de laquelle le nombre d'infection des patients et même de décès dus à d'autres maladies plusieurs années après l'infection initiale par la rougeole. Récemment, des études ont démontré que cela est dû au fait que la rougeole attaque les lymphocytes à mémoire (cellules B et T) et épuise le répertoire d'anticorps de votre corps. Ces cellules mémoire et ces anticorps sont les éléments qui procurent une immunité durable. Ils sont spécifiques à certaines maladies et persistent après une infection initiale, vous protégeant ainsi dans le futur. Le virus de la rougeole détruit ces cellules, vous rendant ainsi vulnérables aux maladies pour lesquelles vous étiez protégé (plus de détails sur le système immunitaire ici et sur l'amnésie immunitaire ici). Tetyana Obukhanych est en désaccord avec tout cela, mais comme vous le verrez, ses preuves sont pour le moins douteuses.

Passons à son article, elle cite au moins des études pour étayer son argument, mais, comme je l'écris souvent sur ce blog, vous pouvez cherry-picker une étude pour démontrer n'importe quelle opinion. Par conséquent, vous devez lire les études de manière critique et examiner l'ensemble des preuves. Elle n'a pas fait cela. Elle a simplement cueilli quelques études qu'elle a aimé et a ignoré plusieurs études beaucoup plus vastes qui discréditent ses opinions. Commençons par les quatre études épidémiologiques citées comme preuve que l'amnésie immunitaire n'est pas réelle.

Sa première étude est de Aaby et al. (2002). Il y a deux choses importantes à noter à propos de cette étude. Premièrement, il a examiné les effets des infections bénignes de la rougeole sur la survie à long-terme, mais les études sur l'amnésie immunitaire ont révélé que des cas plus graves entraînaient une amnésie immunitaire plus sévère. Ainsi, un résultat négatif d'une étude sur des cas légers de rougeole n'est pas une bonne preuve que l'amnésie immunitaire est fausse. Deuxièmement, cette étude était petite pour une étude sur la mortalité (215 enfants) et les résultats étaient à peine significatifs. En d'autres termes, il y a une forte probabilité que ce soit un faux positif, et c'est loin d'être un résultat convaincant.

Une autre de ses études est celle de Aaby et al, (1996a), Cette étude a examiné à la fois la mortalité et le nombre de cellules T chez les patients après une infection de la rougeole par rapport à des témoins. Pour ce qui est de la mortalité, la taille de l'échantillon (140 enfants) était, une fois encore, beaucoup trop petite pour avoir une quelconque confiance dans les résultats. Il n'est pas surprenant qu'une aussi petite étude n'ait pas réussi à trouver une différence de mortalité. Cette taille d'échantillon est toutefois raisonnable pour une étude de comptage cellulaire; Cependant, les types de comptages effectués étaient assez bruts (nombre total de lymphocytes, pourcentage de CD4, pourcentage de CD8, etc.) Les études sur l'amnésie immunitaire que Tetyana tente de réfuter examinent la diversité des lymphocytes à mémoire, mais cela n'a pas été abordé par Aaby et al. (1196a). En d'autres termes, cette étude ne fournit aucune preuve que les études sur l'amnésie immunitaire sont fausses.

Ses deux autres études (Aaby et al. 1996b; 2003) avaient une taille d'échantillon plus raisonnable, mais elles souffraient d'un problème présent dans les quatre études. A savoir qu'elles ont été menées dans des zones pauvres avec un accès limité aux soins de santé où les taux de mortalité sont très élevés. C'est problématique parce que, d'abord, cela signifie qu'il y a beaucoup de facteurs de confusion en jeu provenant d'autres maladies, et ensuite parce que cela fausse la comparaison entre les survivants de la rougeole et les enfants non infectés (souvent vaccinés). Dans une région ayant accès à la médecine moderne, la plupart des enfants survivent à la rougeole grâce aux médicaments. Ainsi, la force inhérente du système immunitaire de l'enfant n'a pratiquement aucune importance (sauf s'il est immunodéprimé). Cependant, dans les régions sans médecine moderne, nous nous attendons à ce que les enfants qui ont naturellement un système immunitaire plus fort soient plus susceptibles de survivre à l'infection. Donc, notre population de survivants est biaisée concernant les enfants qui ont naturellement un système immunitaire plus solide. Un élément absolument fondamental des comparaisons scientifiques est que les groupes doivent être identiques à tous points de vue, à l'exception de la variable d'intérêt, mais ce n'est fondamentalement pas le cas dans ces études. Ils n'ont pas simplement comparé des enfants non infectés avec des enfants ayant survécu à la rougeole, mais plutôt des enfants non infectés avec des enfants assez forts pour survivre à la rougeole. Vous voyez la différence ? Cela rend ces études intrinsèquement problématiques.

L'autre problème avec l'utilisation qu'elle fait de ces papiers est qu'ils sont juste cherry-pickés. Elle a omis de mentionner, par exemple, qu'Aaby avait également mené une étude en 1990 (Aaby et al. 1990) montrant une mortalité nettement plus élevée dans les années suivant l'infection de la rougeole. Pour être honnête, ce n'était pas une grande étude (276 enfants), mais il y avait aussi les problèmes liés aux zones rurales que j'ai mentionné, cependant elle aurait dû la mentionner si elle voulait donner une image fidèle de la littérature.

Elle a également omis de mentionner la vaste étude de 2015 (Mina et al. 2015), qui utilise des décennies de données provenant d'Angleterre, du Pays de Galles, des Etats-Unis et du Danemark, et qui montrait clairement que les infections de la rougeole augmentaient les taux de mortalité pendant 2 à 3 ans après l'infection ! Cette étude a très bien réussi à présenter clairement des prédictions réfutables, à trouver des modèles cohérents (comme attendu pour un résultat réel), à éviter le biais du survivant inhérent à toutes les études de Aaby et al. et comprenait de larges ensembles de données. C'est de loin la plus convaincante des études examinées jusqu'à présent. C'est une énorme omission de la part de Tetyana et une preuve objective du cherry-picking. Vous ne pouvez pas faire comme si cette étude n'existe pas.

En outre, elle a refusé de mentionner une vaste étude de cohorte menée au Royaume-Unis comparant les taux de maladie de 2.228 enfants à la suite d'une infection par la rougeole et de 19.930 enfants non infectés par la rougeole (Gadroen et al. 2018). Ils ont constaté une augmentation significative du nombre de maladies à chaque instant pendant cinq ans après l'infection de la rougeole. Il s'agit d'une étude de grande envergure réalisée dans un pays développé, et cette forme d'analyse de cohorte est généralement plus robuste que le type d'analysée basée sur la population utilisée par Mina et al. (2015), mais encore une fois, Tetyana a omis de la mentionner. Elle a mentionné des études relativement minimes dans des zones pauvres, mais pas les études massives et robustes de pays où les soins de santé sont efficaces. C'est presque comme si elle cherchait à sélectionner de manière minutieuse et trompeuse les preuves à vous montrer ...

Au-delà de ces preuves épidémiologiques, plusieurs études montrent que la rougeole peut infecter et tuer les lymphocytes à mémoire (les cellules responsables de l'immunité à long-terme), vous privant ainsi de votre immunité (de Vries et al. 2012; Petvra et al. 2019). En d'autres mots, nous avons maintenant mis en évidence un mécanisme clair de l'amnésie immunitaire qui est cohérent avec les recherches antérieures sur la capacité de certains virus à cibler les cellules mémoire (Selin 1996; Kim and Welsh. 2004).

Elle a répondu à cette preuve extrêmement claire en disant : "Et alors ? Quand a t'on prouvé que la mémoire immunologique avait quelque chose à avoir avec la protection contre la réinfection ?" Si je buvais quelque chose en lisant cela, je l'aurais craché sur l'écran de mon ordinateur. La notion selon laquelle la mémoire immunologique est un élément-clé de la protection des gens contre les infections est extrêmement bien établie. C'est un concept fondamental et basique en immunologie qui se trouve littéralement dans tous les manuels d'immunologie.

Sa "preuve" selon laquelle la mémoire immunologique ne protège pas les personnes est l’œuvre de Rolf Zinkernagel qui, selon elle, "prouve" que la mémoire immunologique ne confère pas de protection contre la maladie (elle agite également un petit appel fallacieux à l'autorité inutile en mentionnant qu'il a remporté un prix Nobel, comme si cela le rendait juste dans tout ce qu'il dit), et elle cite sa revue de 2012 (Zinkernagel 2012). Il y a plusieurs choses à décortiquer ici. La première est que les opinions de Zinkernagel sont plutôt isolées. En effet, dans ses papiers, il reconnaît volontiers que la grande majorité des immunologistes sont en désaccord avec lui et avec son interprétation des données. En outre, il défend depuis longtemps son point de vue (depuis au moins la fin des années 90) et n'a pas réussi à convaincre beaucoup d'immunologistes qu'il avait raison (faute de données suffisantes), et cette revue de 2012 contient un total général de 21 citations (pas beaucoup pour une revue qui prétend renverser une composante massive de l'immunologie), et même les papiers la citant affirment que la mémoire immunitaire est importante pour être protégé des maladies, ils soulignent simplement qu'il existe des mises en garde et des situations spéciales avec certains agents pathogènes (voir Hohman et Peters [2019], par exemple). Donc, Tetyana veut, en gros, que nous acceptions que toute l'immunologie soit fausse, parce que ce seul homme le dit. C'est très difficile à accepter selon moi. Ce n'est tout simplement pas comme cela que fonctionne la science.

Pour être clair, le fait que les opinions de Zinkernagel n'ont pas été largement adoptées ne démontre pas qu'il a tort (mais cela le suggère). Le problème est juste que les preuves ne semblent pas pencher en sa faveur. Cette revue de 2012, par exemple, n'était pas une revue systématique (c'est-à-dire une revue de toute la littérature sur le sujet). Il s'agissait plutôt d'une revue critique, ce qui signifie qu'il sélectionne quels papiers inclure pour construire l'argumentaire qu'il veut. En revanche, une revue systématique de la littérature (portant spécifiquement sur les lymphocytes T à mémoire et leurs effets sur la maladie) a examiné 147 études portant sur 25 maladies humaines et a montré que la mémoire immunologique est en effet très importante pour assurer une protection contre la maladie (Muruganandah et al. 2018). Il existe également de nombreuses autres revues (pas toutes systématiques) sur la mémoire immunologique ou qui en parlent et qui explique qu'elle est réelle et importante (par exemple, Macallan et al. 2017; Pennock et al. 2013; Pulendran and Ahmed 2006), et, comme je l'ai dit, cela fait littéralement partie de tous les manuels d'immunologie.  

Cela dit, je pense en fait que Tetyana interprète mal Zinkernagel. Pour être honnête, j'ai aussi bien relu la revue de 2012 que je ne l'avais fait la première fois, et Zinkernagel ne se distingue pas vraiment par la façon de formuler ses arguments. Suite à ma déception de la lecture de sa revue de 2012, j'ai lu sa revue critique de 2018, qui est essentiellement le même papier, mais qui, à mon avis, ne fournit pas de preuves convaincantes de sa position, mais m'apparaît comme un peu plus logique. Ensuite, j'ai commencé à lire ses anciens papiers et je pense enfin avoir compris ce dont il discutait. Prenons cette citation provenant d'un papier (Ochsenbein et al. 2000) dont il est l'auteur,

"Par conséquent, pour que les vaccins induisent des titres d'anticorps protecteurs à long-terme, ils doivent fournir, ou maintenir en permanence, l'antigène en quantités minimes sur une période prolongée dans les organes lymphoïdes secondaires ou dans la moelle osseuse, afin d'obtenir un nombre suffisant de lymphocytes B à mémoire à longue durée de vie pour évoluer en des cellules plasmiques de courte durée de vie."

Si je comprends bien, son argument est de dire que les lymphocytes seuls ne suffisent pas comme protection. Mais plutôt, qu'ils doivent constamment se répliquer et évoluer en cellules actives qui produisent des anticorps, et c'est la population de cellules (et leurs anticorps) qui fournit vraiment la protection, mais pour que cette population soit maintenue, un faible niveau d'antigènes (les molécules de reconnaissance de surface qui identifient un agent pathogène donné) doit être présent pour stimuler les lymphocytes mémoire. Je ne suis toujours pas convaincu qu'il a raison, mais c'est beaucoup plus logique que de simplement dire que la mémoire immunologique n'a aucune importance dans la protection. En effet, d'autres interactions complexes entre le système immunitaire inné et le système immunitaire adaptatif ont évidemment été documentés (par exemple, Castellino et al. 2009). Si je l'interprète correctement, alors l'argument n'est pas que les lymphocytes mémoire ne sont pas importants, mais plutôt qu'ils ne suffisent pas à eux seuls et qu'après l'infection initiale, il existe un cycle perpétuel d'antigènes stimulant les cellules de la mémoire, ce qui entraîne la production d'anticorps, de cellules effectrices, etc. Cela signifie que, contrairement à ce que Tetyana affirme, ces lymphocytes mémoire sont d'une importance capitale. S'ils sont atteints d'une maladie comme la rougeole, leur cycle sera brisé parce qu'ils ne sauront plus évoluer en des cellules actives qui sont, selon Zinkernagel, responsables de la protection, ce qui signifie que vous serez, à nouveau, non protégé. Ainsi, même si Zinkernagel a raison, l'argument de Tetyana est erroné (elle cite ensuite un autre de ses articles [Steinhoff et al. 1995]. On peut dire qu'elle extrapole bien au-delà de ce que nous pouvons vraiment conclure du papier.

J'ouvre une brève parenthèse pour dire que je suis curieux de savoir pourquoi Tetyana n'a pas cité la revue plus récente de Zinkernagel de 2018. Je me demande si c'est parce qu'il a parlé de manière dénigrante des "négationnistes des vaccins" dans l'abstract. Vous voyez, Zinkernagel n'est pas un antivaccin, et on peut constater ici un nouvel exemple des incohérences dans la mentalité antivaccin. Selon Tetyana, nous devrions le croire aveuglément au lieu de quasiment tous les autres immunologistes, en ce qui concerne la mémoire immunitaire (après tout, il a remporté un prix Nobel), mais en ce qui concerne les vaccins, nous devrions l'ignorer, lui et son prix Nobel. Il s'agit là d'un cherry-picking classique d'experts et même de point de vue d'experts.

Nous en arrivons ensuite à sa réponse à Mina et al. (2019), qui ont constaté que les infections de la rougeole réduisaient la diversité des anticorps circulants contre des maladies contre lesquelles vous étiez auparavant protégés. Comme auparavant, elle répond à cela en niant l'immunologie de base. Elle demande : "Quand a-t-il été prouvé que les anticorps offrent une protection ?" Des questions comme celle-là me déconcertent. Oui, les anticorps peuvent offrir une protection ! C'est extrêmement bien établi. Pour donner un exemple, probablement le plus connu, on peut dire que les nouveaux-nés obtiennent des anticorps de leur mère, qui les protègent jusqu'à ce que leur propre système immunitaire fabrique la mémoire contre les pathogènes courants qui les entourent (Niewiesk 2014; van der Lubbe et al. 2017). C'est vraiment des choses basiques. Bien sûr, il existe des complexités et des interactions entre différentes parties du système immunitaire, et différentes maladies nécessitent des réponses immunitaires différentes, mais prétendre que les anticorps ne sont pas importants pour la protection est insensé ou malhonnête. De plus, même certains documents qu'elle cite le disent. Par exemple, elle ignore totalement les nombreuses fois où Zakernagel discute de l'importance des anticorps pour offrir une protection. Permettez-moi de citer l'abstract du papier de 1995 (Steinhoff et al. 1995) qui, selon elle, prouve son propos.

"Des expériences de transfert adoptif ont montré que des anticorps neutralisants contre la glycoprotéine du virus de la stomatite vésiculaire (VSV) protégeaient efficacement ces souris contre l'infection systémique et contre l'infection sous-cutanée périphérique."

De même, vous vous rappelez de cette revue de 2012 qu'elle trouvé ? Voici une citation de son abstract (encore une fois, c'est moi qui souligne)

"La protection dépend d'anticorps neutralisants préexistants ou de lymphocytes T pré-activés au moment de l'infection."

Bien sûr, Zinkernagel pense que ces anticorps offrent une protection. Soyons clair, je ne dis pas que les anticorps offrent une protection parce que Zinkernagel dit qu'ils le font, j'essaie plutôt de démontrer le niveau absurde de cherry-picking dont elle use. Ses propres sources réfutent ses arguments.

En outre, sa "preuve" selon laquelle toute l'immunologie se trompe au sujet des anticorps est juste un rapport sur quatre professionnels de la santé qui ont été infectés par la rougeole malgré leurs anticorps (Ammari et al. 1993). Maintenant, à mon tour de poser une question : "Et alors ?" Personne n'a jamais dit qu'avoir des anticorps circulants est une garantie à 100% de ne pas contracter la maladie, surtout pour un professionnel de la santé qui y est exposé régulièrement. En outre, comme cela a été mentionné précédemment, différentes maladies sont ciblées plus efficacement par différentes parties du système immunitaire. Ainsi, même si les anticorps n'offraient aucune protection contre la rougeole (ce qui n'est pas le cas), cela ne changerait rien au fait qu'ils sont très efficaces contre de nombreuses autres maladies, ce qui signifie que c'est un gros problème quand l'infection de la rougeole réduit leur diversité.

En plus, en ce qui concerne ses arguments concernant à la fois la mémoire immunologique et les anticorps, gardez à l'esprit que nous disposons de vastes études épidémiologiques démontrant que l'amnésie immunitaire induite par la rougeole est quelque chose de réel, qui augmente les infections et les décès plusieurs années après les infections de la rougeole. C'est un point fondamental qu'elle ignore complètement. Nous ne parlons pas de mécanismes hypothétiques ici. Au contraire, les études récentes cherchaient après un mécanisme pour expliquer un phénomène déjà bien établi !

Elle évoque pendant un moment quelques autres points qui n'ont aucune pertinence. Je vais donc rapidement commenter deux d’entre eux. Tout d’abord, elle suggère que le virus de la varicelle peut également cibler les cellules de la mémoire et demande pourquoi les gens ne s’inquiètent pas de cette situation, comme si cela prouvait son point de vue. Premièrement, les gens ne s'inquiètent pas parce que les scientifiques sont des gens prudents et qui n’aiment pas bondir sur la conclusion que les effets d’un virus seront les mêmes que ceux d’un autre. À l'heure actuelle, nous ne disposons de bonnes données que sur la rougeole. Deuxièmement, il est probable que la varicelle puisse faire la même chose, mais c’est alors un bon argument pour faire le vaccin contre la varicelle! Cela ne discrédite pas la science et atténue l'inquiétude.

L'autre chose que je voudrais commenter est l'un de ses derniers paragraphes où elle semble suggérer que l'infection par la rougeole est une bonne chose, car si elle tue les lymphocytes mémoire, elle devrait soulager les allergies et l'asthme. Je ne suis pas convaincu que l’infection soulage les allergies, mais supposons un instant que ce soit le cas. Nous disposons de données épidémiologiques montrant clairement que la mortalité augmente pendant 2-3 ans après les infections par la rougeole, et elle pense que cela pourrait être compensé par une éventuelle réduction des allergies? De plus, n’oublions pas que la rougeole est mortelle. Les études de Aaby et al. qu'elle a citées l'ont montré. En tant qu'adulte allergique, je préfère une vie avec des antihistaminiques quotidiens (médicaments contre les allergies) plutôt qu'une mort infantile due à une maladie, merci bien.

Conclusion

En bref, le commentaire de Tetyana est un non-sens. Elle a cherry-pické ses preuves, s'est appuyée sur un manque fondamental de compréhension de l'immunologie de base et a ignoré les preuves épidémiologiques claires selon lesquelles l'amnésie immunitaire induite par la rougeole est une réalité ayant des conséquences mortelles. Les données factuelles démontrent massivement l'amnésie immunitaire et montrent que les effets bénéfiques du vaccin antirougeoleux vont bien au-delà de la simple prévention de la rougeole.

Remarque sur Tetyana Obukhanych et les appels à l'autorité

J'écris ceci après l'article principal, parce que c'est tangentiel, mais je tiens à faire un commentaire rapide sur la façon dont les anti-vaccins réagissent à Tetyana. À ma grande surprise, elle détient un doctorat en immunologie. Cela ne signifie toutefois pas automatiquement qu'elle sait de quoi elle parle. Avoir un doctorat (ou un diplôme d'études supérieures) ne garantit pas que quelqu'un est intelligent ou même particulièrement compétent. En outre, pour autant que je sache, elle n'a jamais publié que huit articles et n'a publié aucune recherche depuis 2012, année où elle a quitté le monde universitaire pour poursuivre une carrière dans la rédaction de livres et de commentaires sur les vaccins, de conférences et de cours de pseudoscience en ligne. Bien sûr, rien de tout cela ne montre qu'elle a forcément tort, Ce que je veux dire, c’est simplement que vous ne devriez pas placer une fausse confiance en elle, juste parce que son nom est suivi des lettres "PhD". En effet, après avoir quitté le monde universitaire, elle a acquis la réputation d'écrire des articles hautement contre-factuels et dénués de raisonnement (voici des exemples d'autres sceptiques qui réfutent certains de ses écrits précédents: Skeptical Raptor, Science-Based Medicine et Snopes). Encore une fois, cela ne la met pas automatiquement dans l'erreur à propos de l'amnésie immunitaire. Je souligne simplement qu’elle n’est pas particulièrement réputée, et elle n’est certainement pas l’immunologiste de renommée mondiale que beaucoup d’anti-vaccins semblent penser d’elle-même (voir également cet article de Vaxopedia). 

Publié par The Logic of Science, le 7 novembre 2019

 

Pour être informé des derniers articles, inscrivez vous :

Commenter cet article