Ceci n'est pas Initiative Citoyenne

Torture de souris, de données et de chiffres au nom de la pseudoscience antivaccinale

Je vise deux personnes en particulier lorsque j'évoque la désinformation vaccinale, la mauvaise science, la manipulation malhonnête de données, des études rétractées à cause du manque de rigueur scientifique. Ces personnes ont déjà, bien entendu, eu droit aux éloges de Initiative Citoyenne, au même titre que Yehuda Shoenfeld par exemple (une rapide recherche Google vous en convaincra). Ces trois là ont déjà travaillé ensemble d'ailleurs. Malheureusement, il existe plusieurs personnalités antivaccins qui pourraient correspondre à la description. La religion antivaccinale et pseudoscientifique peut malheureusement toucher des scientifiques. 

Les personnes que je vise ici sont Lucija Tomljenovic et Christopher Shaw. Je propose la traduction d'un article de Science-Based Medecine, écrit par David Gorski le 30 octobre 2017.

Torture de souris, de données et de chiffres au nom de la pseudoscience antivaccinale

Christopher Shaw et Lucija Tomljenovic, "chercheurs antivaccins", ont publié une étude prétendant associer les adjuvants à base d'aluminium contenus dans les vaccins à la neuro-inflammation et à l'autisme. Naturellement, les mouvements anti-vaccins s'y réfèrent, en la brandissant comme preuve irréfutable que les vaccins provoquent l'autisme. Ce qui n'est pas le cas. En fait, non seulement ils font de la mauvaise science, mais en plus, leur travail pourrait être qualifié de frauduleux.

Pour les antivaccins, l'aluminium est le nouveau mercure.

Laissez-moi expliquer pourquoi à ceux qui ne seraient pas familiers avec le mouvement antivaccin. Pour les antivaccins, il est toujours et avant tout question de vaccins. Toujours. Quel que soit le problème de santé chronique chez les enfants, ce sont les vaccins qui doivent l'avoir provoqué. Autisme ? Ce sont les vaccins. Syndrome de la mort subite du nourrisson ? Ce sont les vaccins, bien sûr ! Maladies auto-immunes ? De toute évidence, ce sont les vaccins qui les provoquent. Obésité, diabète, TDAH ? Vous connaissez la réponse !

Parce que les antivaccins ne lâcheront jamais l'obsession de rendre les vaccins unique véritable responsable de tous les problèmes de santé chez les enfants, l'explication qui démontre que les vaccins sont responsables de tous les maux se transforme bien souvent en preuve défiant la réalité.

Par exemple, à la fin des années 1990 et au début des années 2000, aux Etats-Unis, les antivaccins se concentraient sur le mercure dans les vaccins comme responsable de l'autisme. C'était la conséquence de la présence de thimérosal, un conservateur contenant du mercure, dans de nombreux vaccins. Dans un appel bien trop frileux à respecter le principe de précaution, le CDC recommande en 1999, de retirer le thimérosal des vaccins pour enfants, et par voie de conséquence, de la plupart des vaccins à la fin de l'année 2001. (Certains vaccins contre la grippe encore contenus du thimérosal pendant plusieurs années, mais aucun vaccin pour enfants n'en contenait ; actuellement, il est rare de trouver un vaccin contenant du thimérosal, quel qu'il soit).

Ce qui était important, c'est que le retrait du thimérosal des vaccins pour enfants a permis de réaliser une expérience où l'hypothèse selon laquelle le mercure cause ou prédispose à l'autisme était testée naturellement. Après tout, si le mercure contenu dans les vaccins était à l'origine de l'autisme, son élimination quasi-complète des vaccins pour enfants en peu de temps aurait dû entraîner une baisse de la prévalence de l'autisme quelques années après son retrait. Devinez ce qu'il s'est passé ? 

La prévalence de l'autisme n'a pas diminué. Elle a continué à augmenter. Pour les scientifiques, cette observation était un démenti extrêmement convaincant de cette hypothèse par le biais d'une expérience commode et naturelle, alors que pour ceux qui appartiennent à la souche du mouvement antivaccin, que l'on appelle parfois la "milice du mercure", ils continuent de prétendre que le mercure cause l'autisme. Robert Kenndy Jr est peut-être le membre le plus célèbre de la milice du mercure, bien que depuis peu, ces propos résonnent à la façon d'un antivax ordinaire.

Ce qui nous amène à l'aluminium. Au cours des dernières années, de nombreuses "études" m'ont rappelé la pseudoscience publiée par Mark et David Geier sur le mercure et l'autisme à l'époque, ce qui a mené à l'humiliation des deux chercheurs qui sont devenus les chouchous du mouvement antivaccinal, dont des études et des articles de synthèses ont été discutés auparavant. Oui, je parle bien de Christopher Shaw et Lucija Tomljenovic, du département d'ophtalmologie de l'Université de Colombie-Britannique. Tous les deux publient depuis longtemps des "études" antivaccins, principalement en associant erronément l'autisme et les adjuvants à base d'aluminium dans les vaccins, en les associant à à peu près tous les problèmes de santé que les enfants puissent rencontrer et en accusant le Gardasil de provoquer une insuffisance ovarienne prématurée, ainsi que plein d'autres maux, pouvant mener à la mort. Shaw a même figuré en bonne place dans le film antivaccin The Greater Good. Sans surprise, ils ont aussi publié un papier rétracté.

En fait, il y en a deux. Leur étude la plus récente doit être rétractée. J'y reviendrais dans un instant. Premièrement, je pense qu'il est utile de montrer pourquoi l'étude est si mauvaise, ainsi que pourquoi et comment elle a été rétractée. C'est le récit d'une extrême négligence ou d'une fraude scientifique pure et dure, à moins que ce ne soit les deux.

La torture de souris au nom de la pseudoscience

Avant d'examiner l'étude en elle-même, et plus particulièrement les expériences qu'elle comporte, considérons l'hypothèse prétendument mise à l'essai par Shaw et Tomljenovic, car les expériences de toute études devraient être dirigées de manière à essayer de rendre fausses les hypothèses. Malheureusement, il n'existe pas d'énoncé précis d'hypothèses dans l'introduction. Au lieu de cela, voici ce à quoi on a droit :

"Etant donné que les nourrissons du monde entier sont régulièrement exposés aux adjuvants d'Al [aluminium] lors de vaccinations pédiatriques de routine, il semble justifié de réévaluer la neurotoxicité de Al afin de déterminer si Al peut être considéré comme l'un des déclencheurs environnementaux potentiels impliqués dans les TSA [troubles du spectre autistique].

Afin de révéler le lien de causalité possible entre les anomalies comportementales associées à l'autisme et l'exposition à Al, nous avons d'abord injecté l'adjuvant Al en doses multiples (imitant le schéma de vaccination pédiatrique de routine) à des souris néonatales CD-1 des deux sexes."

Il s'agissait en fait d'une partie de pêche dans laquelle la seule hypothèse réelle était que "l'aluminium dans les vaccins est mauvais et provoque des dysfonctionnements du système immunitaire dans le cerveau". Les "parties de pêche" en science sont des études dans lesquelles les chercheurs tentent de trouver un type d'effet qu'ils suspectent d'avoir découvert. Pour être honnête, les parties de pêche ne sont pas une mauvaise chose en soi - en fait, elles constituent souvent une première étape nécessaire dans de nombreux domaines de recherche - mais elles sont génératrices d'hypothèses, et non de confirmation d'hypothèses. Après tout, il n'y a pas d'hypothèse claire à tester, sinon ce ne serait pas une partie de pêche. Le fait est que cette étude ne confirme, ni ne réfute aucune hypothèse, et ne fournit aucune quelconque preuve irréfutable que les adjuvants à base d'aluminium causent l'autisme.

A présent, examinons les lacunes du papier avant que les problèmes de relatifs aux chiffres ne soient examinés.

Je note qu'il s'agissait d'une expérience sur la souris et que, avant la rétractation, les antivaccins vendaient le papier de Shaw comme preuve irréfutable que les vaccins provoquent l'autisme à cause de leurs adjuvants à base d'aluminium qui provoquent une réaction inflammatoire dans le cerveau. Sérieusement. Les modèles de souris peuvent être utiles pour beaucoup de choses, mais d'un point de vue critique, l'autisme n'est est pas vraiment un pour la plupart d'entre elles. Après tout, l'autisme est un trouble du développement neurologique humain entièrement diagnostiqué par des changements de comportement. La corrélation entre le comportement de la souris et le comportement humain est très problématique. Fondamentalement, il n'existe pas de modèle d'autisme sur quelque animal qui soit qui fasse consensus et la recherche sur l'autisme a été jonchée de modèles d'autisme sur les souris qui se sont révélés déficients. Fondamentalement, malgré l'existence de nombreuses souches de souris censées être pertinentes pour l'autisme, en réalité, presque aucune ne l'est vraiment.

L'hypothèse de base de cette étude était que les changements immunitaires dans le cerveau des souris seraient pertinents pour expliquer l'activation immunitaire dans le cerveau des humains autistes. C'est une hypothèse qui n'a pas encore été confirmée avec suffisamment de rigueur pour considérer les résultats de cette étude comme preuve irréfutable que les adjuvants à base d'aluminium sont à l'origine de l'autisme,  même s'ils provoquent des modifications inflammatoires dans le cerveau des souris. Les auteurs ont ajouté ce diagramme très important décrivant comment, selon eux, l'activation du système immunitaire est à l'origine de l'autisme.

 

Finalement, aussi impressionnant soit-il, la pertinence de ce tableau concernant l'autisme est au mieux discutable, de même que la pertinence de cette étude d'ailleurs.

Alors, regardons la souche de souris choisie par les chercheurs, les souris CD-1. Fondamentalement, il n'y a rien de particulièrement "autistes" chez ces souris (même en prenant compte les modèles existants de souris censés être pertinent pour l'autisme), qui sont décrites dans la plupart des catalogues des entreprises qui les vendent comme étant à "usage général". Les auteurs les ont utilisées parce qu'ils en avaient déjà fait usage dans des études précédentes dans lesquelles ils rapportaient que des injections d'aluminium provoquaient une dégénérescence des moto-neurones (pas d'autisme) et un autre article de mauvaise qualité publié dans le même journal en 2013 dans lequel ils liaient l'aluminium à des troubles neurologiques indésirables. C'est tout.

En ce qui concerne l'expérience en elle-même, les souris nouveaux-nés ont été divisées en deux groupes, un groupe témoin a reçu des injections de solution saline et le groupe expérimental a reçu des injections d'hydroxyde d'aluminium à des doses programmées de manière à simuler le calendrier vaccinal pédiatrique. En regardant le calendrier utilisé, je ne peux pas m'empêcher de noter qu'il existe une différence énorme entre le développement d'un nourrisson humain et le développement d'une souris. Les souris ont reçu des doses d'aluminium équivalentes à six fois ce que les bébés humains reçoivent au cours des 17 premiers jours de leur vie. Par comparaison, chez les bébés, ces doses sont séparées sur plusieurs mois. En plus, chez les bébés humains, les vaccins sont injectés par voie intramusculaire (dans un muscle). Dans cette étude, les souris ont reçu des injections par voie sous-cutanée (sous la peau). Cette différence remet immédiatement en question l'applicabilité de ce modèle aux humains, même si par ailleurs vous acceptez le modèle chez la souris. Les auteurs ont déclaré l'avoir fait parce qu'ils souhaitaient suivre les protocoles précédemment utilisés dans leur laboratoire. Dans certains cas, ce choix peut être justifié, mais dans ce cas-ci, le choix était discutable dès la première fois. Persévérer aveuglément avec le même mauvais choix est vraiment idiot. 

Quels ont donc été les paramètres examinés chez les souris ayant reçu des injections d'hydroxyde d'aluminium par rapport à celles qui ont reçu une solution saline ? Après 16 semaines, les souris ont été euthanasiées et leurs cerveaux ont été récupérés pour mesurer l'expression génétique et les niveaux de protéines d'intérêt. Cinq mâles et cinq femelles de chaque groupe ont été "appariés de manière aléatoire" pour le "profilage de l'expression génétique". Actuellement, quand je réfléchis au profilage de l'expression génétique, je pense généralement aux expériences sur les puces à ADN, dans lesquelles les niveaux de milliers de gènes sont mesurés en même temps, ou bien au séquençage de nouvelle génération dans lequel le niveau de chaque transcription d'ARN dans la cellule peut être mesurée simultanément. Ce ne semble pas être ce que les auteurs ont fait. Plutôt que cela, ils ont utilisé une technique appelée la PCR pour mesurer les niveaux d'ARN messager d'une série de cytokines. Fondamentalement, ils ont examiné la quantité d'ARN codant pour diverses protéines immunitaires dans le cerveau, choisies par les auteurs pour leur pertinence par rapport à l'inflammation. Les auteurs ont également procédés à des transferts (Western blot) de plusieurs protéines. C'est un test consistant à séparer les protéines sur gel, à les filtrer, et puis à les tester avec des anticorps spécifiques, ce qui permet d'obtenir des bandes pouvant être mesurées par diverses techniques telles que l'autoradiographie ou la chimioluminescence, qui peuvent tous deux être enregistrés sur un film sur lequel les bandes pertinentes peuvent être visualisées. Fondamentalement, ce que les auteurs ont fait n'est pas vraiment un profilage d'expression génétique. Ils ont mesuré un tas de gènes et de protéines et ont espéré trouver une différence.

Il y a une chose plus étrange encore. Les auteurs n'ont pas utilisé la PCR quantitative à transcriptase inverse en temps réel, qui est la technologie de pointe pour la mesure du niveau des ARN messagers depuis pas mal de temps. Au lieu de cela, ils ont utilisé une très ancienne forme de PCR très maladroite qui ne peut produire - au mieux - que des résultats semi-quantitatifs (c'est pourquoi nous appelions cela la PCR semi-qualitative). Franchement, à l'époque actuelle, il n'y a aucune raison valable de choisir cette méthode de quantification des transcrits de gênes. Si j'étais reviewer de cet article, j'aurais recommandé de ne pas le publier uniquement sur base de cette lacune. Les machines à PCR en temps réel, autrefois coûteuses et peu communes, sont largement disponibles. De nos jours, tout département de science digne de ce nom en a au moins une disponible pour ses chercheurs.

La raison pour laquelle cette technique semi-quantitative est jugée inadéquate est que la quantité de produit de PCR augmente de façon exponentielle, doublant à peu près à chaque cycle de PCR et qu'elles atteignent un maximum lorsque les amorces sont utilisées. Il faut généralement environ 30 à 35 cycles avant que tout ne sature et que les différences observées dans l'intensité des bandes d'ADN lorsqu'elles sont séparées sur un gel deviennent indiscernables. C'est pourquoi la PCR était traditionnellement et à l'origine, considérée comme un test "oui / non". Soit l'ARN en cours de mesure était là et produisait une bande PCR, soit ce n'était pas le cas. Dans cette étude, les auteurs ont utilisé 30 cycles, ce qui est plus que suffisant pour aboutir à une saturation (la PCR semi-quantitative s'arrête généralement entre 20 et 25 cycles voire moins).  Et je n'ai même pas (encore) mentionné la manière dont les auteurs n'ont pas utilisé la DNAse pour éliminer les petites quantités d'ADN qui contaminent presque tous les isolements d'ARN. Oui, je sais que pour vous, les biologistes moléculaires, ça paraît simple, mais mon audience ne se compose pas que de biologiste moléculaire.

Examinons les dessins 1A et 1B [Note de "Ceci n'est pas Initiative Citoyenne" : lors de la publication de l'article original en octobre 2017, il était encore possible de voir l'étude en question. Ce n'est plus possible maintenant). Regardez les bandes brutes des panels A dans le dessin. Voyez-vous beaucoup de différences, excepté pour l'IFNG (interferon gamma) dans le dessin 1A ? Moi pas. Ce que je vois, ce sont des bandes d'intensité à peu près identiques, même celles qui sont supposées être triplées. En d'autres termes, je suis très sceptique sur le fait que les chercheurs ont constaté une grande différence dans l'expression génétique entre le groupe contrôle et les souris traitées à l'aluminium. Pour être honnête, la plupart du temps, les niveaux de protéines mesurés par Western blot sont corrélés à ceux trouvés avec la PCR. Mais il y a autre chose qui est étrange. Les chercheurs n'ont pas procédé à des Western blot pour toutes les protéines dont ils avaient mesuré l'expression génétique par PCR. Bien sûr, ils présentent des amorces pour 27 gènes, mais ils ne montrent des empreintes que pour 18 (17 gènes inflammatoires plus la bêta-actine, qui a été utilisée comme standard pour normaliser les valeurs des 17 autres gènes).

Je remets aussi en question les test statistiques choisis par les auteurs. En fait, ils ont examiné chaque gène séparément et ils ont utilisé le test-t de Student pour évaluer la signification statistique. Cependant, en réalité, ils ont fait de nombreuses comparaisons, au moins 17, et il n'y a pas de preuve que les auteurs aient maîtrisés les comparaisons multiples. Si l'on choisit que la signification statistique se produit à p<0,25 et que l'on compare 20 échantillons, au hasard, au moins un sera différent. Ajoutez à cela le fait qu'il n'est pas fait mention si les personnes ont effectué les test en aveugle avec le groupe expérimental. C'est un gros problème. Les chercheurs en sciences fondamentales pensent souvent que l'aveuglement n'est pas nécessaire dans leur travail, mais il existe un risque de biais inconscient dont, bien souvent, ils n'ont pas pris la mesure. Par exemple, les auteurs ont utilisés ImageJ, logiciel gratuit de traitement d'images mis au point par le NIH. J'ai déjà utilisé ImageJ auparavant. C'est une application couramment utilisée pour quantifier la densité des bandes sur les gels, malgré que ce soit un vieux logiciel qui n'a pas été mis à jour depuis des années. Fondamentalement, cela consiste à dessiner manuellement les contours des bandes, de définir l'arrière-plan, puis de laisser le logiciel calculer la densité des bandes. Le biais potentiel apparaît lorsque vous tracez les lignes autour des bandes et définissez les arrières-plans. Aussi inconscients soient-ils, les scientifiques sont aussi sujets aux préjugés que n'importe qui, et sans l'aveuglement, dans une étude comme celle-ci, il est indéniable que les biais inconscients peuvent affecter les résultats. En toute honnêteté, peu de chercheurs en sciences fondamentales se soucient d'aveugler ceux qui quantifient des Western blot ou des gels d'ADN colorés au bromure d'éthidium sur des produits de la PCR. C'est un problème systématique en recherche biomédicales que j'invoque souvent lorsque j'examine des articles. Shaw et Tomljenovic commettent la même erreur que 90% des scientifiques de base font également.

Mais prenons un peu de recul et examinons un instant les résultats des auteurs. Supposons que ce qui est rapporté soit un effet réel. Dans la suite de l'article, les auteurs présentent des preuves de changement dans l'expression génétique suggérant l'activation d'une voie de signalisation moléculaire contrôlée par une molécule appelée NF-kB et selon lesquelles les souris mâles étaient plus sensibles à cet effet que les femelles. C'est marrant mais je connais la NF-kB. J'ai déjà publié sur la NF-kB. J'ai reçu une subvention NIH R01 pour étudier comment ma protéine favorite affectait la NF-kB. Certes, j'ai fini par abandonner cette voie de recherche parce que je me trouvais dans une impasse. Certes, je ne connais plus autant la NF-kB qu'autrefois. Mais j'en connais assez que pour savoir que la NF-kB est facile à activer et est vraiment non-spécifique. Je plaisantais en racontant que le simple fait de regarder mes cellules de façon rigolote activerait la signalisation de la NF-kB. En plus, la NF-kB est associée à une inflammation. Mais alors quoi ? Ce que vous avons ici est un modèle artificiel dans lequel les souris reçoivent des doses beaucoup plus fortes que ce que reçoivent les bébés humains. Est-ce que cela est pertinent pour le cerveau humain ou pour l'autisme ? Qui sait ? Probablement pas. Non, presque assurément pas.

En outre, le système immunitaire de la souris est différent du système immunitaire humain. Rien de tout cela n'empêche les auteurs de conclure : 

"Sur base des données que nous avons obtenus à ce jour, nous proposons une hypothèse de travail provisoire d'une cascade moléculaire qui pourrait servir à expliquer un lien de causalité entre Al et la réponse immunitaire innée dans le cerveau. Dans ce schéma proposé, Al peut être transporté par les macrophages via un mécanisme de cheval de Troie similaire à celui décrit pour les virus de l'immunodéficience humaine (VIH) et l'hépatite C, traversant la barrière hémato-encéphalique, pour envahir le SNC. Une fois dans le système nerveux central, Al active divers facteurs pro-inflammatoires et inhibe les inhibiteurs de NF-kB, ces derniers conduisant à l'activation de la voie de signalisation de la NF-kB et à la libération de facteurs immunitaires supplémentaires. Alternativement, l'activation du système immunitaire du cerveau par Al peut également se produire sans qu'Al ne traverse la barrière hémato-encéphalique, via une voie de signalisation neuroimmuno-endocrinienne. Dans les deux cas, il semble évident que la réponse immunitaire innée dans le cerveau peut être activée à la suite de stimuli immunitaires périphériques. La conséquence ultime de la surstimulation immunitaire innée dans le SNC est la perturbation des voies neuro-développementales normales entraînant un comportement autistique."

C'est ce que nous appellerons des conclusions commerciales non étayées par les conclusions d'une étude. A un niveau plus "méta", on ne sait même pas si les marqueurs de l'inflammation observés dans les cerveaux autistes sont causatifs ou sont un épiphénomène. Comme le note Skeptical Raptor, il se pourrait que l'inflammation rapportée soit causée par les modifications primaires du cerveau qui ont entraîné l'autisme. La cause et l'effet sont loin d'être clairs. On ne peut s'empêcher de noter que la plupart des infections vaccinées provoquent beaucoup plus l'activation du système immunitaire que la vaccination. 

Fondamentalement, nous avons une autre étude qui concerne l'autisme chez la souris. L'étude prétend montrer que les adjuvants à l'aluminium provoquent une sorte de "neuro-inflammation" qui, suppose-t-on, équivaut à l'autisme. Même en adoptant une interprétation charitable, le mieux que l'on puisse dire à propos de cette étude est qu'elle montre une augmentation des niveaux de protéines associées à l'inflammation dans le cerveau de la souris ayant reçu une injection d'adjuvant à l'aluminium plus fréquemment que ce que ne recevront jamais les bébés humains. Que cela ait un rapport avec l'autisme est très discutable. Au mieux, nous avons ici des chercheurs, peu ou pas expérimentés dans les techniques de base de la biologie moléculaire, qui utilisent une ancienne méthode qui n'est pas très précise et qui surinterprète les différences de niveaux de gènes et de protéines qu'ils ont trouvé. Dans le pire des cas, nous avons des "chercheurs" antivaccins, qui ne cherchent pas l'exactitude scientifique, mais qui veulent réellement promouvoir l'idée que les vaccins provoquent l'autisme. (Je sais, je sais, c'est difficile de ne pas se demander, pourquoi pas les deux ?) Si ils en étaient à leur première faute, je laisserais à Shaw et à Tomljenovic le bénéfice du doute, mais ils n'en sont pourtant pas à leur premier coup d'essai. Cette étude ajoute peu, voire rien du tout, à notre compréhension de l'autisme ou même des effets potentiels des adjuvants à l'aluminium. Comme tant d'autres études précédentes, ce n'est ni plus ni moins que de la torture de souris au nom de la pseudoscience antivax. Les souris utilisées dans cette étude sont mortes en vain dans une étude soutenue par la fondation antivaccination Dwoskin.

Est-ce de la fraude ?

Peu de temps après la publication du papier de Shaw, de nombreuses questions se sont posées au sujet des chiffres figurants dans le papier. Pour comprendre le problème, vous devez savoir qu'après le déroulement d'une réaction PCR, les produits de la PCR (des fragments d'ADN amplifiés par la réaction PCR) sont séparés en les plaçant dans un gel d'agarose et en y faisant passer un courant électrique. Cette électrophorèse sur gel fonctionne parce que l'ADN migre vers l'électrode positive et, une fois solidifié, l'agarose forme un gel qui sépare les fragments d'ADN par taille. Le gel peut ensuite être coloré au bromure d'éthidium, dont la fluorescence permet la visualisation des bandes, dont la taille et la pureté peuvent être mesurées. Des photos du gel peuvent être prises et soumises à une densitométrie pour estimer la quantité d'ADN présente dans chaque bande par rapport aux autres bandes. 

Pour mesurer des protéines, les Western blots fonctionnent un peu différemment. Des extraits de cellules ou des mélanges de protéines essentiellement isolés sont soumis à une électrophorèse sur un gel de Polyacrylamide (PAGE) avec un agent dénaturant (SDS). De nouveau, à l'instar de l'ADN, les protéines migrent vers l'électrode positive et le gel forme des pores qui gênent le processus, permettant une séparation par taille et par charge. Les protéines sont ensuite transférées sur une membrane (le Western blot) et visualisées en utilisant des anticorps primaires de la protéine désirée, suivi par un anticorps secondaire portant une sorte de marqueur. Autrefois, nous utilisions la radioactivité. Actuellement, nous utilisons principalement la chimioluminescence. Les empreintes sont ensuite exposées sur un film, ou plus fréquemment, sur une plaque de phosphore, qui fournit une plage linéaire beaucoup plus grande pour détecter la chimioluminescence, que les anciens films. Tout comme les gels d'ADN, les bandes peuvent être mesurées en utilisant la densitométrie. Dans les deux cas, il est très important de ne pas "brûler" (surexposer) le film ou de le sous-exposer. Il est également important de dessiner les lignes autour des bandes à l'aide d'un logiciel de densitométrie et voir comme l'arrière-plan est calculé. Un logiciel moderne peut le faire automatiquement, mais il est presque toujours nécessaire de peaufiner les contours choisis, raison pour laquelle j'estime qu'il est important que quiconque effectue la densitométrie soit "aveugle", parce qu'un biais peut survenir lors du traçage des bandes.

Bon, pourquoi vous expliques-je tout cela ? Accrochez-vous, je vais y arriver. Cependant, j'aimerais tout d'abord souligner à nos "amis" antivaccins que l'évaluation par les pairs ne se termine pas lorsqu'un article est publié. De plus, grâce aux réseaux sociaux et à internet, il est plus facile que jamais de voir ce que les autres scientifiques pensent des articles publiés. En particulier, il existe un site web appelé PubPeer, qui se présente comme étant une "associations de revues en ligne". PubPeer est un site où de nombreux scientifiques férus de recherches et au regard aiguisé discutent d'articles publiés et de leurs chiffres , disons, pas vraiment honnêtes. Il se trouve que des scientifiques ont examiné le papier de Shaw et Tomljenovic. Et quoi ? Vous demandez-vous. Ils ont trouvé des trucs. En fait, ils ont trouvé des trucs qui me semblent plutôt ... suspects.

Premièrement, par exemple, ils ont pris la figure 1C du papier et ont ajusté l'arrière-plan et le contraste pour accentuer les différences de tons :

 Les éléments suivants ont immédiatement été relevés :

"Suppression claire et délibérée du résultat TNF du groupe contrôle mâle 3. Ce n'est pas un épissage non reconnu puisque il n'y a aucun arrière-plan provenant d'un gel contigu avec une bande, que ce soit à droite ou à gauche.

Suppression de la moitié gauche de l'IFN-g du groupe contrôle mâle 1. Le groupe contrôle mâle 3 de l'IFN-g est douteux également parce que le contraste met en évidence la case autour de la bande. 

Ce qui apparaît comme un épissage non reconnu dans le blot d'ACHE, entre les animaux Al 2 et 3.

En comparant ce transfert représentatif à la densitométrie qui l'accompagne, ils ont obtenu des résultats de 5 expérience indépendantes indiquant un changement de facteur de l'IFN-g du groupe contrôle Al, par rapport à l'actine, avec une moyenne de 4,5 avec un SEM variant d'environ 2,7 à 6,5. Cela semble trop beau pour être vrai."

Regardez les bandes. La seconde en partant de la dernière bande. Il semble que la bande ait été supprimée numériquement. Il y a un trou évident là. Les bords sont clairs. Maintenant, ça pourrait être un artefact de compression JPEG. En effet, l'un des commentateurs insiste beaucoup sur les artefacts de la compression qui ressemblent à un carré et qui incitent les plus téméraires à penser qu'un Photoshopage a été fait. Cependant, je suis d'accord avec un autre intervenant de PubPeer, c'est suffisamment problématique que pour réclamer au journal le blot original.

Sur celle-là, je vais donner à Shaw et Tomljenovic le bénéfice du doute. (Qu'ils le méritent ou non, jugez-en de par vous-même.) Cela pourrait être un artefact de compression. D'autres problèmes découverts dans les gels ne sont pas aussi facilement résolus. Par exemple, il semble bien y avoir le bon vieux tour des bandes de gel dupliquées et inversées sur le schéma 2A :

Il faut un peu de talent pour les repérer, mais cherchez les parties distinctives des bandes, puis vérifiez si elles apparaissent ailleurs. Il est également nécessaire de réaliser qu'il pourrait y avoir plusieurs expositions différentes de la même bande, de telle sorte que la même bande puisse apparaître plus ou moins intensément et réfléchie comme dans un  miroir. Il faut savoir quoi chercher et je crains que certains lecteurs qui ne sont pas habitués à regarder des empreintes comme celles-ci, ne voient pas les similitudes suspectes, même lorsqu'elles sont sont mises en évidence. Regardons malgré tout. Par exemple, ces deux bandes sur le schéma 4C :

 

Et les schémas 4B et 4C où les bulles sur les gels servent de repères :

Vous pouvez regarder les autres images sur PubPeer et vous faire votre propre idée pour savoir si il s'est passé quelque chose de louche. J'en ai suffisamment vu pour dire qu'il y a des choses troublantes. D'autres personnes ont relevé que Shaw et Tomljenovic avaient commis du plagiat également. Le schéma 1 du document de 2017 est identique (je dis bien identique, à l'exception des barres qui étaient bleues dans le document plus ancien) à celui publie dans un document datant de 2014. En gros, ils disséminé quelques données primaires dans l'un de leurs articles pourris pour accuser l'"environnement" (c'est-à-dire les vaccins) dans le cas de l'autisme, celui-ci a été publié en 2014 dans OA Autism. Ne me croyez pas sur paroles. Les deux articles sont en libre accès et vous pouvez juger par vous-même, du moins tant que l'article le plus récent de Shaw reste en ligne. [Note de Ceci n'est pas Initiative Citoyenne : l'article n'est plus en ligne]

Et ce n'est pas tout. Notre ami Skeptical Raptor a relevé que The Mad Virologist et la Blood-Brain Barrier ont analysé conjointement le document et ont trouvé ceci :

"Six autres points-clés limitent les conclusions pouvant être tirées de l'article :

1. Ils ont sélectionné des gènes sur base de vieilles littératures et ont ignoré les publications récentes,

2. La méthode de quantification par PCR est imprécise et ne peut être utilisée comme une quantification absolue de l'expression des gènes sélectionnés,

3. Ils ont utilisé des tests statistiques inappropriés, susceptibles de donner des résultats significatifs, ce qui explique peut-être pourquoi ils ont été choisis,

4. Leur régime de dosage pour les souris rend les hypothèses sur le développement des souris incorrect,

5. Ils ont donné aux souris beaucoup plus d'aluminium que ce qui est prévu dans le calendrier vaccinal auquel les enfants sont exposés,

6. Il y a des irrégularités dans les données de la RT-PCR semi-quantitative et dans celles de la Western blot qui suggèrent fortement que ces images ont été fabriquées. C'est probablement l’élément le plus accablant du papier. Si les données ont été manipulées et les images fabriquées, le papier doit être rétracté et l'UBC doit mener une enquête sur les agissements menés par la laboratoire de Shaw.

De manière générale, nous ne pourrions pas faire confiance au travail de Shaw si nous étions les personnes qui financent son travail, nous serions incroyablement contrariés parce que les auteurs de l'étude ont jeté de l'argent par la fenêtre, alors qu'il aurait pu servir à faire des bonnes choses. Peut-être y a t'il des explications convaincantes aux irrégularités observées, mais tant que ces préoccupations ne seront pas réglées, on ne pourra pas se fier à ce document."

Je remarque qu'ils détaillent encore davantage les problèmes d'images qui m'ont amené (et d'autres) à me méfier de la manipulation d'images. Ils concluent comme suit :

"Il existe de sérieux problèmes qui mettent en doute la crédibilité de cette étude et qui ne peuvent être résolues qu'en fournissant une résolution complète (300 dpi) des transferts originaux (films radiographiques ou le fichier d'image d'origine).

Il y a eu beaucoup de discussions sur PubPeer à propos de ce document et d'autres irrégularités ont été détectées par les utilisateurs. Si quelqu'un n'est pas certain de la précision des résultats, nous suggérons vivement de regarder ce qui a été identifié sur PubPeer, car il en découle que les résultats ne sont pas tout à fait exacts, qu'ils ont été créés avec Photoshop."

Je suis d'accord. Oui, je suis d'accord avec leurs critiques sur l'utilisation des statistiques. J'ai même évoqué leur incapacité à contrôler les comparaisons multiples, et Shaw et Tomljenovic ont également utilisé un test pour une distribution normale alors que leurs données ne suivent manifestement pas une distribution normale.

La rétractation

Sans surprise, le journal qui a publié ce papier, The Journal of Inorganic Biochemistry, a reçu de nombreuses critiques et plaintes, qui ont eu clairement un effet. L'éditeur a décidé de retirer son article. Sans surprise, Shaw a formulé des excuses :

"Shaw, professeur au département d'ophtalmologie de l'Université de Colombie-Britannique, a déclaré que le laboratoire et lui-même avaient procédé à leur propre analyse des chiffres en question après avoir lu les plaintes de PubPeer le 24 septembre. Il a demandé une rétractation du journal dans un délai de deux jours et en a informé l'université.

"Il semble que certaines images fournissant des résultats non-significatifs aient été inversées," a déclaré Shaw à la CBC jeudi. "Nous ne savons pas pourquoi, nous ne savons pas comment ... mais il y a une erreur, cela ne fait aucun doute."

Shaw a confirmé que le laboratoire ne savait pas confirmer comment les chiffres ont pu être modifiés, parce qu'il affirme que les données originales nécessaires à la comparaison ne se trouvent plus au laboratoire UBC.

"Nous ne pensons pas que les conclusions soient en jeu ici, mais comme nous ne le savons pas, nous avons jugé préférable de la suspendre," a déclaré le chercheur.

Questionné à propos des chiffres visiblement bizarres qui n'ont pas été vérifiés avant d'être publiés, Shaw a répondu que c'était une "bonne question"."

En effet, ça l'est. Dommage que Shaw n'ait pas de bonne réponse à cette bonne question. En fait, pour être honnête, il répondu en disant ceci :

"Nous avions toujours l'impression que, d'après la consultation des données d'origine d'il y a quelques années et de notre analyse ultérieure, tout se passait bien. On a vérifié par deux fois les différentes étapes du processus, mais lorsque vous les regardez et que vous effectuez diverses analyses, vous avez tendance à croire qu'elles sont bonnes."

"Lorsque vous examinez ce type de données, à moins de les examiner avec une très très grande puissance et que vous les magnifiiez 20 fois - ce que personne ne fait, soit dit en passant - vous ne verriez pas forcément qu'il y avait quelque chose qui n'allait pas."

Non, il n'était pas nécessaire de regarder les chiffres avec une insistance démesurée pour comprendre la manipulation d'image. Certes , les utilisateurs de PubPeer qui ont découvert la manipulation n'avaient pas besoin de tels outils pour déceler les problèmes rencontrés, ils avaient juste besoin entraîner leurs yeux. D'autre part, en tant que chercheur, moi-même, je peux comprendre qu'en regardant des chiffres encore et encore, on a tendance à passer à côté de quelque chose. Mais ce n'est pas une excuse valable.

"Shaw affirme que les données originales sont en Chine, chez un analyste qui a travaillé sur le papier.

Le professeur affirme que l'analyste lui a affirmé que les données y sont bloquées.

Ça ressemble à l'excuse du chien qui a mangé mes devoirs.

Il a ajouté que même si les données originales étaient récupérées, il pense que ce "papier est mort" pour des raisons de crédibilité."

C'est bien sûr navrant. Par exemple, le NIH exige que les données brutes soient conservées par le chercheur principal pendant dix ans. Certes l'étude de Shaw n'a pas été financée par le NIH, mais bien par la fondation antivaccin Dwoskin, mais son université exige que les chercheurs conservent les données brutes pendant au moins 5 ans, ce qui signifie que les données auraient dû être conservées au moins, jusque 2018.

Tomljenovic a déclaré vendredi qu'elle était d'accord avec la rétractation, mais qu'elle "n'avait rien à voir avec la collecte et l'analyse des données". Elle a refusé de livrer un commentaire.

Mais alors, pourquoi était-elle coauteur ? Peut-être a t'elle aidé à rédiger une partie du texte d'introduction passe-partout. Pendant ce temps, Dan Li a apparemment pris sa retraite. Je me demande pourquoi. Evidemment,  Shaw crie au complot Bigpharma :

En réponse aux critiques des scientifiques sur internet, Shaw s'est montré dédaigneux.

"Le terme chercheur "antivaccin" est un terme ad hominem utilisé pour désigner quiconque s'interrogeant sur la sécurité des vaccins. Il provient souvent de blogs et de trolls, dont certains sont des plates-formes à peine déguisées de compagnies pharmaceutiques ... Quiconque met en question la sécurité des vaccins, quel que soit son niveau, fait face à ce dogme.

Voici mon point de vue : je considère les vaccins comme l'une des nombreuses interventions médicales utiles. La médecine prophylactique sous toutes ses formes est excellente et la vaccination est un moyen de lutter contre les maladies infectieuses dans le but de les prévenir. Mais à l'instar d'autres interventions médicales, les vaccins ne sont pas complètement sûrs pour tout le monde, ni dans toutes les circonstances.

Dans des questions complémentaires, Shaw a déclaré que si les données futures ne permettaient pas d'établir un lien entre l'autisme et l'aluminium, il reconsidérerait son hypothèse et ses recherches."

Bien sûr qu'il le fera, Bien sûr qu'il le fera. Bien sûr, je ne suis pas surpris par son évocation de Bigpharma. C'est ce que font les antivaccins quand ils sont critiqués. En outre, il existe une différence entre "remettre en question la sécurité des vaccins" et le faire sur base de pseudosciences qui contribuent à mener de fausses études visant à démontrer que le Gardasil provoque, par exemple, la mort ou l'insuffisance ovarienne prématurée, ou que les adjuvants à base d'aluminium provoquent l'autisme, comme Shaw et Tomljenovic l'ont fait abondamment. C'est cela qui les qualifie d'antivaccins, plutôt que leur remise en question de la sécurité des vaccins. 

Shaw a dit une chose qui (je l'espère) s’avérera vraie.

Shaw a indiqué qu'il avait probablement fini de travailler sur des articles concernant les vaccins, après cette rétractation. 

"Honnêtement, je ne suis pas sûr à ce stade que je veuille m'impliquer davantage sur les vaccins," a t'il déclaré. "Nous avons des projets en cours qui ont été financés et qui doivent, à notre avis, être achevés et qui portent sur ce sujet. Franchement je doute que je continuerais après cela."

Nous ne pouvons que l'espérer, mais je suis prêt à parier que l'argent de la Fondation Dwoskin continuera à soutenir Shaw ; à moins que la fondation ne décide que même Shaw est trop discrédité pour ses objectifs et qu'elle trouve un autre scientifique capable de faire le sale boulot de la diabolisation de la vaccination. 

Quoiqu'il en soit, cet incident illustre le fait que la science peut fonctionner. L'évaluation par les pairs a peut-être échoué, ce qui a permis la publication de cet article, mais l'examen par les pairs après la publication a fonctionné, ce qui a entraîné sa rétractation.

Pour être informé des derniers articles, inscrivez vous :

Commenter cet article